Organización.
Como todas las iglesias presbiterianas, nuestra organización sigue la Forma de Gobierno democrático-representativo, con un gobierno local (Consistorio), y consejos superiores (Presbiterio y Sínodo), que reúnen a las otras iglesias locales en Santiago y el resto del país. Nuestras autoridades ejercen un gobierno delegado, elegido por las asambleas y por un período preestablecido. De manera que la presidencia no recae sobre una sola persona (por ejemplo el pastor) sino siempre sobre un grupo de personas, elegidas democráticamente por la congregación.
En Jesús el Buen Pastor, tenemos la siguiente organización:

Consistorio (Equipo Pastoral)
       Pastor Titular:    Rev. David Vilches Urrea
       Pastor Adjunto:  Rev. Vladimir Pacheco Pereda
                                  Rev. Jonathan Muñoz Vásquez
       Pastor Emérito:  Rev. Eduardo Contreras Cordero
       Consejo:  Pbro. Manuel Salgado,
                        Pbro. Víctor Astudillo,
                        Pbro. Luis Castillo,
                        Pbro. Benjamín Franco,
                        Pbro. Enrico Bucci.

Junta de Diáconos (Obra social de la Iglesia)
       Presidente: Pr. Eduardo Contreras
       Diáconos:  René Contreras
                          Luis Pino
                          Alberto Guerra
                          Pedro Astudillo
                          Luis Valle​